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1947年上半年，軍醫學校及衛訓所等全體人員分批陸續遷至上海，同年6月1日，國防醫學院正式成立。院址設於上海市江灣市立醫院原址。校舍廣闊，佔地150萬平方公尺，為一理想校區〔註一〕可是，這時，由於當局有意停辦專科部及藥科，而引起學員生的不滿，這也是令父親感到很失望、很無奈的事。
為應抗戰時期對軍醫及司藥的大量需求，以及改進軍醫的素質和加速人才的訓練，父親確實費了不少心血，排除萬難，成立了專科部。不久也證明此種教育不但在改進軍醫業務上成績卓越，而且專科部的人才在學術研究上亦有非凡的表現。父親對專科部的學員一直非常重視，經常勉勵他們努力進修。如今好不容易建立起來的專科部，當局有意要停辦，父親心裡難免覺得可惜，又因為是來自上層的決定，也只好遵從，可是專科部的學員們卻紛紛起來抗議〔註二〕，大學部的學生，尤其是藥科的學生亦加入行列，導致了一場罷課風潮。
林可勝院長本人是極力主張廢除藥科的，他說：「美國藥又好又便宜，買來用就行了，中國自己根本不必辦製藥工業，不必培養製藥人才，配方工作護士就可以做了。」〔註三〕林院長當時有這種想法與主張不是沒有原因的，當時二次世界大戰剛結束，英美兩國因大戰帶來的禍害使全民經濟蕭條，此刻兩國的經濟急需迅速恢復，而戰後的中國是藥物消費最適合及最龐大的市場，加上〔一〕林可勝受英美影響很大，與〔二〕國民政府急須依賴英美（特別是美國）兩國政府的支持，在這兩個條件和各種有形無形的壓力與影響之下，林可勝有這種想法是可以理解的。
【註一】《國防醫學院院史》，1995年12月出版，p.203
【註二】醫專八期的謝維綱教授〔在台曾任軍醫署副署長〕，曾於1995年8月25日寫資料給我，其中有一段話是關於1947年停辦專科部的事情：「軍醫學校專科部的同學發起了『抗林保張』運動，大學部亦同聲響應，逼得當時參謀總長陳誠到院，訓話中表示，如有反抗即予槍斃。同學中知道陳誠的作風，槍斃人是不需經過軍法審判的，因此大家也就無言息鼓了。當時專科部的同學說，感謝教育長辦專科部，能申請到醫師證書，退役後衣食無憂，這是專科部同學最激烈的感恩運動。正因如此，後來林、盧在台灣也辦了專科部，不過是從第一期開始算起的，至於張建在安順辦的專科部，只能從歷史去追尋了。
【註三】此段資料夾自陳新謙〔藥科23期〕、汪宋寶〔醫科33期〕、甯奇珍〔醫專8期〕等學長。
一直在中國藥學會編輯部的陳新謙教授〔藥科23期〕，以停辦藥科之事寫了當時所發生的情形給我，並附有《中國藥學雜誌》1989年24卷8期原文以證實，他是這樣寫的：
「1947年5月，在上海成立的《全國藥科學生聯合會》，就是特別為了反對國民政府將要實施有關藥科的兩項政策：
一、教育部擬將全國藥科〔大學本科〕改為專科，即收初中畢業生學習五年。
二、國防部擬裁撤軍醫學校藥科。
因此，全國藥科學生聯合會的會員及藥科學生共同發動了請願、罷課，和召 開記者招待會，揭露政府當局對高等藥學教育的迫害。由於此舉得到藥學專家及廣大社會人士的同情與支持，國防醫學院的藥科才得以保存下來，後到台灣改為藥學系。」
金明儒教授〔藥科34期〕於《半世紀懷舊錄》〔1996年8月於台北出版〕裡寫了一篇文章《藥科三十四期班史》，對於當時停辦藥科的往事，也有一段回憶：
「此次改組對藥科的衝擊很大，原有藥科變成醫事技術科一部，後來由李承祜老師擔任科長，因此醫事技術科成了以藥科為主體〔註〕。改組之初，軍醫學校的藥科科長吳榮熙〔曾任國立藥專校長〕教授，向來校訓話的參謀總長陳誠將軍請願不要取消藥科，碰了大釘子，並要查辦吳科長！陳總長在大禮堂訓話，記得有一句名言是：『我們是革命的，不要是被革命的對象，─』藥科學生因而組織請願團去南京請願，由藥科 32 期徐步洲領了一群同學去南京請願不要取消藥科，大家先到南京國立藥專會合該校同學，然後到教育部，教育部的答案好像說不是他能力所及，建議去國防部，在往國防部的途中，學校派人警告說：國防部乃軍事機關，切切不可去請願，嚇得只好在中途解散。事隔五十年，還不知道究竟是怎麼一回事」
【註】《國防醫學院院史》1995年12月出版，p.207,208見「醫事技術科」。
現任湖北武漢冶金醫學專科學校外科顧問的江斌教授〔醫專二期〕，自1944年由雲南調到貴陽衛訓所就一直與盧致德共事，勝利後他隨衛訓所遷至上海，改組後在國防醫學院任學生總隊副隊長(總隊長為徐省三)〔註〕，1997年3月9日曾寫過一封信給我，對於改組後學院當局擬停辦專科及藥科的事，有一段回憶： 「1947年由於林可勝的主觀，擬停辦本校藥科和專科遭到在校學生的反對，引至罷課風潮。這時我正在南京聯勤學校學習，我接到盧致德電話說專科部學生鬧事，要我趕回上海調解。我到校時，見學校貼滿反對標語、學院罷課，主因是停辦藥科與專科。我回到上海見到林可勝與盧致德，向他們建議此兩科不能停辦，理由是：〔一〕如停藥科，軍醫司藥乏人管理，〔二〕專科部學員是八年抗日前線出生入死，為戰爭勝利付出代價的人才，功不可沒，應予深造，並給以學資。建公同意和支持我的意見，兩科不能停辦。林、盧在學生的壓力下只好同意藥、專兩科繼續辦下去，並叫我將此意見轉告學生，學潮乃得平息。我回南京後，得知學院復課。」他接著又寫道：「由於建公待人處事胸懷寬闊，致使學院改組順利完成，建公對軍醫事業的建樹與功績，獲得軍醫界同仁的愛戴與崇敬，建公亦得含笑于九泉了。」
【註】《國防醫學院院史》1995年12月出版，p.209見〔六〕管訓部門。
父親對藥學教育從一開始就非常重視，他一直認為中國一定要有自己的藥學人才及藥學事業，中國的藥學工業才能站立起來。要取消藥科，自然讓他心疼不已，好在後來由於學生的抗議，學校當局也就不再堅持。這次學潮對父親不無影響，因為一邊是他摯愛的學員生，一邊是他的頂頭上司，讓他頗感為難。
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